Identificación de Mycobacteria no pigmenteda de crecimiento rápido por el Método Molecular de Micobacterium de Genotipo CM / Identification of Fast-Growing Non-Pigmented Mycobacteria by the Genotype® Mycobacterium CM Molecular Method

Introducción: la micobacteria no terberculosa (NTM) forma un grupo heterogéneo de microorganismos que pueden causar infección en humanos. Las micobacterias no pigmentadas de rápido crecimiento (MNPCR) son de interés clínico debido al creciente número de pacientes infectados por ellos y a la dificultad del tratamiento. Dentro de este grupo, Mycobacterium fortuitum, Mycobacterium abscessus y Mycobacterium chelonae son reconocidos como patógenos potenciales; estas especies se han aislado de infecciones pulmonares y extrapulmonares. Objetivo: el objetivo de este trabajo es encontrar la frecuencia de aislamiento de especies micobacterianas de rápido crecimiento, específicamente el complejo Mycobacterium fortuitum, de muestras clínicas utilizando la técnica molecular de diagnóstico GenoType Mycobacterium CM. Material y Método: se analizaron 249 aislados de micobacterias no tuberculosas obtenidas de muestras pulmonares y extrapulmonares de pacientes sintomáticos en el período enero 2018-diciembre de 2022. La técnica molecular GenoType Mycobacterium CM se utilizó para identificar la especie. Resultados: Se obtuvieron 77 (3,9%) aislados de especies no pigmentadas de rápido crecimiento, estas se identificaron en orden decreciente: Mycobacterium fortuitum 65 (84,41%), Mycobacterium abcessus 9 (11,68%) y Mycobacterium chelonae 3 (4%). Conclusiones: los resultados reafirman que el complejo Mycobacterium fortuitum es responsable de la mayoría de las infecciones causadas por la micobacteria en rápido crecimiento en humanos. La técnica diagnóstica GenoType Mycobacterium CM es una herramienta útil para la rápida identificación de micobacterias; proporciona resultados precisos en menos tiempo, acortando significativamente el tiempo diagnóstico, permite la aplicación temprana de tratamiento específico, evitando así la propagación de la infección.

Introduction: non-tuberculous mycobacteria (NTM) form a heterogeneous group of mi-croorganisms that can cause infection in humans. Fast-growing non-pigmented my-cobacteria (MNPCR) are of clinical interest due to the increasing number of patients infected by them and the difficulty of treatment. Within this group, Mycobacterium fortuitum, Mycobacterium abscessus and Mycobacterium chelonae are recognized as potential pathogens; these species have been isolated from both pulmonary and ex-trapulmonary infections. Objective: the objective of this work is to find the frequency of isolation of fast-growing non-pigmented mycobacterial species, specifically the Myco-bacterium fortuitum complex, from clinical samples using the GenoType® Mycobacteri-um CM diagnostic molecular technique. Material and Method: 249 isolates of non-tu-berculous mycobacteria obtained from pulmonary and extrapulmonary samples from symptomatic patients in the period January 2018-December 2022 were analyzed. The G e n oTy p e® Mycobacterium CM molecular technique was used to identify the species. Results: 77 (30.9%) isolates of fast-growing non-pigmented species were obtained, these were identified in decreasing order: Mycobacterium fortuitum 65 (84.41%), Myco-bacterium abcessus 9 (11.68%) and Mycobacterium chelonae 3 (4%). Conclusions: the results reaffirm that the Mycobacterium fortuitum complex is responsible for most in-fections caused by fast-growing mycobacteria in humans. The GenoType® Mycobacte-riumCM diagnostic technique is a useful tool for the rapid identification of mycobacte-ria; it provides accurate results in less time, significantly shortening the diagnostic time, it allows the early application of specific treatment, thus avoiding the spread of infec-tion.

Linfadenitis por Mycobacterium en pacientes inmunocompetentes y viviendo con VIH/sida / Lymphodenitis by Mycobacterium in immunocompetent and living with HIV/AIDS patients

Introducción: La coinfección del virus de inmunodeficiencia humana (VIH) y la tuberculosis ha alterado su presentación histológica, esto es particularmente frecuente en las linfadenitis. Objetivos: Realizar la caracterización etiológica de linfadenopatías producidas por el género Mycobacterium, destacar la importancia del diagnóstico precoz de esta enfermedad para evitar diseminación de la infección, tanto en pacientes inmunocompetentes como inmunodeficientes, específicamente con VIH/sida. Método: Se realizó estudio descriptivo-prospectivo entre enero de 2017 y enero de 2019. Durante este período se recibieron 5640 muestras, de estas 81 obtenidas a partir de tejido ganglionar; la toma de muestra mayoritariamente fue quirúrgica 74 (91,35 por ciento) y 7 (8,64 por ciento) por biopsia aspirativa (BAAF). Del total de muestras, 60 (74,07 por ciento) procedían de pacientes con VIH/sida, las muestras se descontaminaron por el método de ácido sulfúrico al 4 por ciento, se cultivaron en medio sólido Löwenstein-Jensen e incubaron a 37°C. Se realizaron lecturas semanalmente. Para identificar Mycobacterium tuberculosis se realizó la prueba rápida comercial inmunocromatográfica SD TB AgMPT64. Resultados: De 81 muestras analizadas se obtuvieron 22 (27,16 por ciento) aislamientos, 16 (72,72 por ciento) de Mycobacterium tuberculosis, y 6 (27,27 por ciento) de especies no tuberculosas. De estas, 18 (81,81 por ciento) procedían de pacientes con VIH/sida. Conclusión: Por todo lo antes expuesto es importante la vigilancia diagnóstica en este tipo de infección extrapulmonar, tanto para M. tuberculosis como para otras especies no tuberculosas y poder comenzar tempranamente el tratamiento específico evitando la diseminación de la infección, pues esta puede tener consecuencias fatales, sobre todo en pacientes con algún tipo de inmunosupresión, como aquellos con VHI/sida. Si un paciente mantiene fiebre prolongada, con linfadenopatías, sin síntomas respiratorios y no responde a los tratamientos con antibióticos, es necesario pensar en este tipo de infección(AU)

Introduction: The coinfection of human immunodeficiency virus (HIV) and tuberculosis has altered its histological presentation; this is particularly frequent in lymphadenitis. Objective: To carry out the etiological characterization of lymphadenopathies produced by the genus Mycobacterium, highlighting the importance of early diagnosis of this disease to avoid dissemination of the infection, both in immunocompetent and immunodeficient patients, specifically HIV / AIDS. Methods: A descriptive-prospective study was carried out between January 2017 - January 2019. During this period, 5640 samples were received, of these 81 obtained from lymph node tissue, the sample collection was mostly surgical 74 (91.35 percent) and 7 (8.64 percent) by aspiration biopsy (BAAF). Of the total samples, 60 (74.07 percent) were from HIV / AIDS patients, the samples were decontaminated by the 4 percent sulfuric acid method and cultured in solid Löwenstein-Jensen medium and incubated at 370C, the readings were made weekly. For the identification of Mycobacterium tuberculosis, the commercial SD TB AgMPT64 immunochromatographic rapid test was performed. Results: Of 81 samples analyzed, 22 (27.16 percent) isolates were obtained, 16 (72.72 percent) of Mycobacterium tuberculosis (MTB), and 6 (27.27 percent) of non-tuberculous species, of these 18 (81.81%) were from HIV / AIDS patients. Conclusion: For all the above, diagnostic surveillance is important in this type of extrapulmonary infection, both for M tuberculosis and for other non-tuberculous species and to be able to start specific treatment early, avoiding the spread of the infection, since it can have fatal consequences on all in patients with some type of immunosuppression, such as HIV/AIDS. If a patient maintains a prolonged fever, with lymphadenopathy, without respiratory symptoms and does not respond to antibiotic treatment, it is necessary to consider this type of infection(AU)

Evaluación del método de Petroff modificado con solución salina para el diagnóstico de micobacterias en el sistema Bact/Alert 3D / Assessment of Petroff method modified with saline solution for the diagnosis of mycobacteria in Bact/Alert 3D system

Introducción: Existen diferentes métodos de descontaminación de muestras pulmonares para el diagnóstico de micobacterias. El Programa Nacional de Control de Tuberculosis recomienda el método de Petroff modificado con solución salina, pero no existen evidencias documentadas que avalen este método. Objetivo: Evaluar el método de Petroff modificado con solución salina para el diagnóstico de micobacterias en el sistema Bact/Alert 3D. Métodos: Se realizó un estudio observacional analítico de pruebas diagnósticas utilizando 100 muestras pulmonares recibidas en el Laboratorio Nacional de Referencia e Investigaciones de Tuberculosis, Lepra y Micobacterias del Instituto Pedro Kourí, abril 2016 enero 2017. La muestra se dividió en 3 alícuotas y se descontaminaron mediante 3 métodos; luego se inocularon en los medios de cultivo sólido y líquido. Se compararon los resultados del cultivo en cuanto: tiempo de detección de crecimiento, tasa de contaminación, por ciento de positividad, además se calcularon indicadores de desempeño. Resultados: Al comparar el método Petroff modificado con solución salina con el Petroff modificado con solución fosfato en Löwenstein Jensen, el tiempo de detección de crecimiento, por ciento de positividad y la tasa de contaminación se comportaron de forma similar y la sensibilidad (93,75 por ciento), concordancia (96,47 por ciento) e índice de Youden (0,91) fueron elevadas. Al compararlo el Petroff modificado con solución salina con el N-Acetil-L-Cisteína, las variables no mostraron diferencias significativas y los Indicadores de Desempeño se comportaron por encima del 93 por ciento, para el medio sólido y líquido. Conclusiones: Los resultados avalan la continuidad del uso del Petroff modificado con solución salina como método de descontaminación de las muestras pulmonares en la red de laboratorios de Cuba y como alternativa en el pretratamiento de las muestras para el medio líquido (Bact/Alert 3D), además constituye un soporte para el Programa Nacional de Control de Tuberculosis(AU)

Introduction: There are different decontamination methods of pulmonary samples for the diagnosis of mycobacteria. The National Program for the Control of Tuberculosis recommends Petroff method modified with saline solution; but there are not documented evidences that endorse it. Objective: Assess Petroff method modified with saline solution for the diagnosis of mycobacteria in Bact / Alert 3D system. Methods: An observational analytic study of diagnostic tests was conducted; there were used 100 pulmonary samples received in the National Laboratory of References and Researches of Tuberculosis, Leprosy and Mycobacteria of Pedro Kourí Institute, from April 2016 to January 2017. The sample was divided in 3 aliquots and those were decontaminated using 3 methods; then, they were inoculated in the solid and liquid culture means. Cultures´ results were compared according to: growth's detection time, contamination rate, percent of positivity; in addition, performance indicators were calculated. Results: When comparing Petroff method modified with saline solution with Petroff method modified with phosphate solution in Löwenstein Jensen, the growth's detection time, the percent of positivity and the rate of contamination behaved similarly, and sensitivity (93,75percent), concordance (96,47percent) and Youden´s index (0,91) were high. When the Petroff method modified with saline solution was compared with N-Acetil-L- Cisteina, the variables did not show significative differences and the behaviour indicators were over 93percent for the solid and liquid mean. Conclusions: The results endorse the continuity of the use of Petroff method modified with saline solution as a decontamination method of pulmonary samples in the network of Cuban laboratories and as alternative to the pre-treatment of the samples for the liquid mean (Bact/Alert 3D); it also constitutes a support for the National Program for the Control of Tuberculosis(AU)

Resistencia a fármacos antituberculosos en Cuba, 2015-2017 / Resistance to tuberculosis drugs in Cuba, 2015-2017

Introducción: La tuberculosis persiste como un importante problema de salud mundial. En el 2016 se estimaron 600 000 casos de resistente a rifampicina, y entre estos 490 000 casos multidrogorresistentes. Objetivo: Describir el comportamiento de la resistencia de los aislados de M. tuberculosis de pacientes con tuberculosis pulmonar notificados en Cuba entre los años 2015-2017. Métodos: Se determinó la susceptibilidad a isoniacida y rifampicina mediante el método de la nitratasa. A los aislados resistentes a rifampicina/multidrogorresistentes se les determinó mediante el método proporcional la susceptibilidad a ofloxacina, kanamicina, amikacina y capreomicina. Resultados: El 93,2 por ciento de los aislados fueron sensibles a isoniacida y rifampicina. En 39 se identificó resistencia a isoniacida y 23 fueron resistente a rifampicina. Se identificaron 10 multidrogorresistentes. No se detectó resistencia a fármacos de segunda línea. Conclusiones: Los resultados alertan sobre la necesidad de investigar las causas que han conllevado al incremento de la tuberculosis resistente en Cuba(AU)

Introduction: Tuberculosis continues to be an important health problem worldwide. In the year 2016, as many as 600 000 cases of rifampicin resistance were estimated, among which 490 000 were multi-drug resistant. Objective: Describe the behavior of resistance to M. tuberculosis isolates in patients with pulmonary tuberculosis reported in Cuba in the period 2015-2017. Methods: Susceptibility to isoniazid and rifampicin was determined by the nitratase method. Susceptibility of rifampicin resistant / multi-drug resistant isolates to ofloxacin, kanamycin, amikacin and capreomycin was determined by the proportional method. Results: Of the isolates analyzed, 93.2 percent were sensitive to isoniazid and rifampicin. Isoniazid resistance was identified in 39 and 23 were rifampicin resistant. Ten multi-drug resistant isolates were identified. Resistance to second line drugs was not detected. Conclusions: Results warn about the need to study the factors leading to the increase in resistant tuberculosis in Cuba(AU)

La tuberculosis, desde un problema de salud hasta un arma biológica / Tuberculosis from a health problem to a biological weapon

La tuberculosis es el principal asesino infeccioso del mundo, sin embargo, no constituye una prioridad política. Con el conocimiento que se tiene de la tuberculosis, se está en capacidad de controlarla y erradicarla, pues se cuenta con métodos probados de diagnóstico y esquemas terapéuticos efectivos. Pero existen factores que perpetúan el problema, como la inequidad social, la pandemia del VIH/ sida, el incremento de las poblaciones de riesgo, la inexistencia de una vacuna protectora, las deficiencias en los programas de control y la drogo resistencia. El desarrollo de la tuberculosis resistente a múltiples drogas revela debilitamiento de los servicios asistenciales, se considera un indicador de negligencia en salud pública. En la actualidad solo se logra curación en el 52 por ciento de los pacientes, con regímenes de 21-24 meses y un costo por paciente de 50 000 a 100 000 dólares estadounidenses. El incremento de la resistencia y la capacidad que tiene la tuberculosis para aprovechar y acentuar las desigualdades socioeconómicas en una población, aumenta la desestabilización de un área o país, lo cual ha llevado a que esta enfermedad sea incluida en la lista de posibles armas biológicas. En este trabajo se analizan los factores que hacen de la tuberculosis una enfermedad social, las acciones necesarias para su control, así como su papel como arma bioterrorista(AU)

Tuberculosis remains as the world's leading infectious killer, but it is not a political priority. With the knowledge of Tuberculosis, it is able to control and eradicate it, as there are proven methods of diagnosis and effective therapeutic schemes. But there are factors that perpetuate the problem, such as social inequality, the HIV/AIDS pandemic, the increase in risk populations, the absence of a protective vaccine, deficiencies in Tuberculosis control programs and drug resistance. The development of multi-drug resistant and extremely resistant Tuberculosis reveals a weakening of care services, so Tuberculosis from being a preventable and curable disease, is becoming a virtually incurable disease is considered an indicator of public health negligence. At present, healing is only achieved in 52 percent of patients with 21-24-month regimens and a cost per patient of 50,000 to 100,000 US dollars. The increase in multi-resistance and the ability of Tuberculosis to take advantage of and accentuate socioeconomic inequalities in a population, increasing the destabilization of an area or country has led to this disease being included in the list of possible biological weapons. Taking into account the importance of this disease, the factors that can influence its control and its role as a bioterrorist weapon, it was decided to analyze the elements that make Tuberculosis a social disease and a health emergency are analyzed(AU)

La tuberculosis en Cuba en tiempos de COVID-19: ¿retroceso en su plan de eliminación? / Tuberculosis in Cuba in the times of COVID-19: a step backwards in the elimination program?

La pandemia actual provocada por el coronavirus SARS-CoV-2 ha alcanzado límites insospechados al inicio de 2020, afectando seriamente los sistemas de salud de muchos países de todos los continentes.1 La Organización Mundial de la Salud (OMS) y la Unión International contra la Tuberculosis y Enfermedades Respiratorias (La Unión) han expresado recientemente su gran preocupación por el impacto de la COVID-19 en la lucha contra la tuberculosis (TB) en el mundo, sobre todo en los países de más alta carga de la enfermedad y de recursos económicos limitados.2,3 Cuba es uno de los países con más baja carga de la enfermedad en la región de Las Américas 4) y trabaja fuertemente para ser uno de los primeros territorios en eliminar la TB, como problema de salud pública, antes de 2035.5 Para ello, se ha preparado un Plan Estratégico Nacional, basado en la Iniciativa Mundial de Fin de la TB,6 en el cual se establecen sus objetivos, metas, estrategias y prioridades para alcanzar este hito. En este plan, de manera general, se plantea: la prevención y atención integrada de la TB centrada en las personas afectadas, compromiso político, protección social y cobertura universal del diagnóstico y el tratamiento oportuno de la TB, y la investigación operativa e implementación de iniciativas y herramientas innovadoras para la prevención y el control de la TB. En Cuba, se confirmaron los primeros casos infectados con SARS CoV-2 el 11 de marzo de 20207,8 y desde entonces se activó su Plan de Acción Nacional contra Epidemias para establecer medidas destinadas a contrarrestar la enfermedad y proteger la salud de la población8) Con la implementación del Plan de Control y Prevención de la COVID -19 se definieron tres fases epidemiológicas: etapa 1: pre-epidémica, etapa 2: transmisión local limitada, y etapa 3: epidémica. Hasta este momento, Cuba se encuentra en la etapa 2. Desde la segunda quincena de marzo, el presidente de la República, Miguel Díaz-Canel Bermúdez, informó de varias medidas para evitar el movimiento de los ciudadanos, facilitar el distanciamiento social, mejorar la higiene de la población y reforzar el trabajo en los hospitales y centros de aislamiento destinados la atención de los casos confirmados, contactos de estos o personas sospechosas de portar el virus SARS CoV-2.8 Para fortalecer el trabajo en las unidades de salud, y a la vez minimizar el riesgo de infección con el nuevo coronavirus, el Ministerio de Salud Pública (Minsap) de Cuba adoptó varias acciones importantes con su personal: Colocar a los trabajadores de salud > 60 años y con enfermedades con comorbilidad para COVID-19 en actividades de teletrabajo, trabajo a distancia o exento de trabajo (cobrando 100 % de salario el primer mes y después a 60 %). Movilizar a los trabajadores de salud disponibles en tareas concretas de enfrentamiento directo contra COVID-19 en unidades de salud tradicionales y otras designadas para ello. Ubicar a otros trabajadores de la salud no relacionados directamente en la lucha contra la COVID-19 en apoyo de tareas complementarias (higienización, suministro de recursos médicos y alimentarios y otros, en unidades de salud). El resto de las personas del sector salud se acogieron a las modalidades de trabajo actuales, antes mencionadas (teletrabajo, trabajo a distancia o exento de trabajo). Las medidas y acciones tomadas por el Minsap y por el Gobierno de la República de Cuba han permitido el tránsito por un escenario más favorable con cifras muy bajas de pacientes graves y letalidad por debajo de la media de la región de Las Américas y del mundo.9 Sin embargo, el enfrentamiento a esta emergencia mundial pudiera provocar un debilitamiento del resto de los programas de salud. Al revisar los datos del Laboratorio Nacional de Referencia de Tuberculosis del Instituto de Medicina Tropical Pedro Kourí (IPK), hemos notado en estos últimos meses una disminución del número de muestras clínicas enviadas (con relación al año anterior) por las unidades de salud de la provincia de La Habana, y también de las provincias occidentales que mandan esputos para el diagnóstico rápido de la TB por PCR en tiempo real (prueba Xpert MTB/RIF) de personas de los principales grupos vulnerables de la enfermedad (Tabla 1). Adicionalmente, también ha habido una reducción considerable de la cantidad remitida de aislados de Mycobacterium tuberculosis para la vigilancia de la resistencia a los fármacos antituberculosos (Tabla 2) y de las láminas enviadas para el control de la calidad de la...(AU)

Identificación de especies micobacterianas ambientales u oportunistas en pacientes sintomáticos y con VIH/sida / Identification of environmental or opportunistic mycobacterial species in symptomatic symptomatic and HIV/AIDS patients

El aumento de las infecciones por micobacterias ambientales u oportunistas (MAO) coincide mundialmente con el declive de la infección tuberculosa e incremento de la infección por el virus de inmunodeficiencia humana (VIH). El presente trabajo es un estudio retrospectivo realizado en el Laboratorio Nacional de Referencia-Investigaciones de Tuberculosis/Micobacterias/Lepra (LNRI-TB/Lepra/Micobacterias), del Instituto de Medicina Tropical Pedro Kourí (IPK), La Habana, Cuba, durante el período enero 2014-diciembre 2018. El objetivo de nuestro estudio fue conocer la variabilidad de especies aisladas para establecer un referente actualizado sobre las infecciones causadas por estas. En este trabajo se clasificaron-identificaron 413 cepas procedentes de pacientes sintomáticos; 162 (39.22%) eran aislamientos de pacientes con VIH/sida atendidos en nuestro Hospital Nacional de Referencia a Atención al paciente VIH/sida (IPK), y el resto (n = 251 [60.77%]), procedentes de pacientes inmunocompetentes, incluyendo aislamientos recibidos de los Centros Provinciales de Higiene, Epidemiología, y Microbiología (CPHEM). Las muestras fueron analizadas con las técnicas convencionales establecidas: las pulmonares fueron descontaminadas por el método de Petroff modificado; las extrapulmonares, por el método del ácido sulfúrico al 4%; el cultivo se realizó en medio de Löwenstein-Jensen modificado. Posteriormente se realizó la clasificación-identificación de especies según el esquema fenotípico-bioquímico establecido. Las especies con mayor porcentaje de aislamiento pertenecieron a los Grupos III y IV, complejo Mycobacterium avium-intracellulare (34.14%) y complejo M. fortuitum (20.82%), respectivamente. Estos resultados permitirán conocer la prevalencia de estas especies en nuestro país, reafirmando la importancia diagnóstica de estos microorganismos para aplicar tratamiento específico, sobre todo en pacientes con factores de riesgo, en quienes es más probable la diseminación de la infección.

The increase in infections by environmental or opportunistic mycobacteria (MAO) coincides worldwide with the decline in tuberculosis infection and an increase in infection by the human immunodeficiency virus (HIV). The present work is a retrospective study carried out at the National Reference Laboratory-Tuberculosis/Mycobacterial/Leprosy Research (LNRI-TB / Leprosy / Mycobacteria), of the Pedro Kourí Institute of Tropical Medicine (IPK), La Habana, Cuba, during the period January 2014-December 2018. The objective of our study was to know the variability of isolated species to establish an updated reference on the infections caused by MAO. In this study, 413 strains from symptomatic patients were classified and identified; 162 (39.22%) were isolates from patients with HIV/AIDS treated at our National Hospital of Reference for Attention to HIV/AIDS patients (IPK), and the remaining (n=251 [60.77%]), from immunocompetent patients, including isolates received from the Provincial Centers of Hygiene, Epidemiology, and Microbiology (CPHEM). The samples were analyzed with the established conventional techniques: the lung samples were decontaminated by the modified Petroff method; the extrapulmonary, by the 4% sulfuric acid method; the culture was carried out in modified Löwenstein-Jensen medium. Subsequently, the classification-identification of species was carried out according to the established phenotypic-biochemical scheme. The species with the highest percentage of isolation belonged to Groups III and IV, Mycobacterium avium-intracellulare complex (34.14%), and M. fortuitum complex (20.82%), respectively. These results will allow us to know the prevalence of these species in our country, emphasizing the diagnostic importance of these microorganisms and thus apply a specific treatment, especially in patients with risk factors, in whom the spread of the infection is more likely

Eliminación de la tuberculosis en Cuba: contribuciones recientes, resultados y desafíos / Elimination of tuberculosis in Cuba: recent contributions, results and challenges

Desde el 70 al 80 Aniversario de la fundación del Instituto de Medicina Tropical "Pedro Kourí", los investigadores, profesionales y técnicos de este centro, han laborado en cooperación con diversas instituciones académicas y de los servicios de salud de Cuba (en equipos multidisciplinarios) en las tareas de desarrollo científico, innovación tecnológica y construcción de capacidades. Este artículo resume las principales investigaciones realizadas sobre la tuberculosis desde 2008-2017; como contribuciones al Programa Nacional de Control y Eliminación de la Tuberculosis con la perspectiva de aumentar la calidad, efectividad y eficiencia de las acciones y acelerar la solución de la incidencia y la mortalidad por tuberculosis, para la investigación, la vigilancia y control de la tuberculosis. Se presentan evidencias que fundamentan las innovaciones en el manejo clínico terapéutico de pacientes inmunocompetentes e inmunocomprometidos, en niños y adolescentes, sobre las indicaciones para el control de la infección tuberculosa latente, la vigilancia de los desenlaces del tratamiento anti-tuberculosis, la investigación de contactos de casos, los cambios en el sistema de registro e información, el monitoreo y evaluación de la calidad de la detección de casos de tuberculosis, el impacto sobre la morbilidad y la mortalidad.

During the period extending from the 70th to the 80th anniversary of the founding of Pedro Kouri Tropical Medicine Institute, researchers, professionals and technicians from the center, in joint cooperation with a variety of Cuban academic and health care institutions, have integrated into multidisciplinary teams engaged in tasks related to scientific development, technological innovation and capacity building. The paper summarizes the main research studies about tuberculosis conducted from 2008 to 2017 as contributions to the National Tuberculosis Control and Elimination Program, with a view to enhancing the quality, effectiveness and efficiency of actions, swiftly finding a solution to tuberculosis incidence and mortality, and fostering tuberculosis research, surveillance and control. Evidence is presented which substantiates innovations in the clinical therapeutic management of both immunocompetent and immunocompromised patients, children and adolescents, and indications are provided for latent tuberculosis infection control, surveillance of anti-tuberculosis treatment outcomes, investigation of case contacts, changes in the record and information system, quality monitoring and evaluation of the detection of tuberculosis cases, and impact on morbidity and mortality.

Contaminación cruzada por Mycobacterium tuberculosis en el Laboratorio Nacional de Referencia de Tuberculosis de Cuba / Cross-contamination of Mycobacterium tuberculosis at the National Rference Laboratory of Tuberculosis of Cuba

Introducción: la contaminación cruzada por Mycobacterium tuberculosis (Mtb) en el laboratorio es más común de lo que se piensa.Objetivo: confirmar un posible episodio de contaminación cruzada por Mtb en el Laboratorio Nacional de Referencia de Tuberculosis, Lepra y Micobacterias del Instituto Pedro Kouri.Métodos: se realizó un estudio descriptivo y retrospectivo de los indicadores de calidad del cultivo del 3er trimestre de 2014. Se observó un incremento de cultivos positivos a Mtb con codificaciones bajas, durante un día de trabajo. Se encontraron 10 aislamientos de 19 muestras procesadas: ocho con sospecha de contaminación cruzada y dos aislamientos pertenecientes a uno de los pacientes involucrados y que tuvo un cultivo positivo procesado en una fecha diferente. Las muestras se procesaron según lo establecido por el Programa Nacional de Control de la Tuberculosis de Cuba. A los cultivos positivos se les realizó la tipificación con oligonucleótidos espaciadores Spoligotyping.Resultados: el aislamiento de la muestra 1 435 (paciente 1) fue un patrón único al no aparecer en la base de datos internacional SITVIT2. En los cultivos de las muestras 1 438 y 1 439 (paciente 2) se identificó el linaje Beijing (tipo 1). En los siete cultivos restantes (pacientes del 3 al 7) se identificó el linaje S tipo 71; los cultivos posteriores de estos pacientes fueron negativos a excepción del paciente 5 (muestra 1 561), en el que se aisló Mtb con el mismo patrón genético.Conclusiones: los resultados de la genotipificación permitieron confirmar los cultivos positivos contaminados e inferir una posible fuente de contaminación durante ese día de trabajo. También resalta la importancia de identificar eventos de contaminación cruzada, pues puede implicar un mal manejo clínico de los pacientes, así como el uso innecesario de un tratamiento largo y costoso, además de influir en el análisis e interpretación de los resultados desde el punto de vista epidemiológico(AU)

Introduction: cross contamination of Mycobacterium tuberculosis in the laboratory is more common than thought.Objective: to confirm a possible event of cross-contamination of Mycobacterium tuberculosis in the National Reference Laboratory of Tuberculosis, Leprosy and Mycobacteria of Pedro Kouri Institute.Methods: a descriptive and retrospective study of quality indicators of culture for the third quarter of 2014 was conducted. An increased Mycobacterium tuberculosis-positive culture with low encodings was observed during a working day. Ten isolates of 19 processed samples were found: eight suspected cross-contamination and two isolates from one of the patients involved and had a positive culture processed on a different date. The samples were processed as established by the National Program for Tuberculosis Control in Cuba .Positive cultures were typed by using oligonucleotide spacers Spoligotyping.Results: the isolation of the sample 1 435 (patient 1) showed a unique pattern that does not appear in the international database SITVIT2. In the culturing of 1 438 and 1 439 samples (patient 2), the Beijing lineage (type 1) was identified. In the remaining seven cultures (patients 3 through 7), the lineage S type 71 was identified. The subsequent cultures of the samples taken from these patients were negative except for patient 5 (sample 1 561) in whom Mtb was isolated with the same genetic pattern.Conclusions: the results of genotyping allowed confirming the contaminated positive cultures and inferring a possible source of contamination during that workday. It also highlights the importance of identifying cross-contamination events, because it may involve poor clinical management of patients and thus the unnecessary use of a long and costly treatment, in addition to influencing the analysis and interpretation of the results from the epidemiological viewpoint(AU)

Contaminación cruzada por Mycobacterium tuberculosis en el Laboratorio Nacional de Referencia de Tuberculosis de Cuba / Cross-contamination of Mycobacterium tuberculosis at the National Rference Laboratory of Tuberculosis of Cuba

Introducción: la contaminación cruzada por Mycobacterium tuberculosis (Mtb) en el laboratorio es más común de lo que se piensa. Objetivo: confirmar un posible episodio de contaminación cruzada por Mtb en el Laboratorio Nacional de Referencia de Tuberculosis, Lepra y Micobacterias del Instituto Pedro Kouri. Métodos: se realizó un estudio descriptivo y retrospectivo de los indicadores de calidad del cultivo del 3er trimestre de 2014. Se observó un incremento de cultivos positivos a Mtb con codificaciones bajas, durante un día de trabajo. Se encontraron 10 aislamientos de 19 muestras procesadas: ocho con sospecha de contaminación cruzada y dos aislamientos pertenecientes a uno de los pacientes involucrados y que tuvo un cultivo positivo procesado en una fecha diferente. Las muestras se procesaron según lo establecido por el Programa Nacional de Control de la Tuberculosis de Cuba. A los cultivos positivos se les realizó la tipificación con oligonucleótidos espaciadores Spoligotyping. Resultados: el aislamiento de la muestra 1 435 (paciente 1) fue un patrón único al no aparecer en la base de datos internacional SITVIT2. En los cultivos de las muestras 1 438 y 1 439 (paciente 2) se identificó el linaje Beijing (tipo 1). En los siete cultivos restantes (pacientes del 3 al 7) se identificó el linaje S tipo 71; los cultivos posteriores de estos pacientes fueron negativos a excepción del paciente 5 (muestra 1 561), en el que se aisló Mtb con el mismo patrón genético. Conclusiones: los resultados de la genotipificación permitieron confirmar los cultivos positivos contaminados e inferir una posible fuente de contaminación durante ese día de trabajo. También resalta la importancia de identificar eventos de contaminación cruzada, pues puede implicar un mal manejo clínico de los pacientes, así como el uso innecesario de un tratamiento largo y costoso, además de influir en el análisis e interpretación de los resultados desde el punto de vista epidemiológico(AU)

Introduction: cross contamination of Mycobacterium tuberculosis in the laboratory is more common than thought. Objective: to confirm a possible event of cross-contamination of Mycobacterium tuberculosis in the National Reference Laboratory of Tuberculosis, Leprosy and Mycobacteria of Pedro Kouri Institute. Methods: a descriptive and retrospective study of quality indicators of culture for the third quarter of 2014 was conducted. An increased Mycobacterium tuberculosis-positive culture with low encodings was observed during a working day. Ten isolates of 19 processed samples were found: eight suspected cross-contamination and two isolates from one of the patients involved and had a positive culture processed on a different date. The samples were processed as established by the National Program for Tuberculosis Control in Cuba .Positive cultures were typed by using oligonucleotide spacers Spoligotyping. Results: the isolation of the sample 1 435 (patient 1) showed a unique pattern that does not appear in the international database SITVIT2. In the culturing of 1 438 and 1 439 samples (patient 2), the Beijing lineage (type 1) was identified. In the remaining seven cultures (patients 3 through 7), the lineage S type 71 was identified. The subsequent cultures of the samples taken from these patients were negative except for patient 5 (sample 1 561) in whom Mtb was isolated with the same genetic pattern. Conclusions: the results of genotyping allowed confirming the contaminated positive cultures and inferring a possible source of contamination during that workday. It also highlights the importance of identifying cross-contamination events, because it may involve poor clinical management of patients and thus the unnecessary use of a long and costly treatment, in addition to influencing the analysis and interpretation of the results from the epidemiological viewpoint(AU)

Importancia diagnóstica de las infecciones extrapulmonares causadas por el género Mycobacterium

Introducción: el género Mycobacterium provoca infecciones pulmonares y extrapulmonares, dentro de estas últimas las localizaciones más frecuentes son; sistema nervioso linfático, central, circulatorio, genitourinario, gastrointestinal, tejido osteoarticular, y la piel. Objetivo: realizar las caracterizaciones etiológica de infecciones extra pulmonares producidas por el género Mycobacterium, destacar su importancia diagnóstica tanto en pacientes VIH- como VIH/sida. Métodos: se realiza un estudio descriptivo-prospectivo de corte transversal realizado de enero 2012 a mayo 2014. Durante este período se recibió un total de 825 muestras, 232 de pacientes VIH- y 593 de pacientes con VIH/sida. Las muestras que lo requerían se le aplicaron descontaminación cultivo, se utilizó el método de ácido sulfúrico al 4 por ciento, para el cultivo se usó el medio de Löwenstein-Jensen. Resultados: de las 825 muestras extra pulmonares en 29 (3,5 por ciento) se obtuvo cultivo positivo, 14 (48,3 por ciento) con aislamiento de Mycobacterium tuberculosis (11 VIH+ y 3 VIH-), y 15 (51,7 por ciento) con aislamiento de otras especies micobacterianas (12 VIH+ y 3 VIH-), Mycobacterium avium-intracellulare, y Mycobacterium malmoense fueron las especies más aisladas. Conclusión: por todo lo anterior expuesto se recomienda mantener la vigilancia diagnóstica en este tipo de infección extra pulmonar, en especial en pacientes con sida, pues en muchos casos pueden tener fatales consecuencias por su diagnóstico tardío(AU)

Introduction: the genus Mycobacterium causes pulmonary and extrapulmonary infections. The most common locations for the latter are the lymphatic and central nervous systems, the circulatory, genitourinary, and gastrointestinal systems, the osteoarticular tissue, and the skin. Objective: to etiologically characterize extrapulmonary infections caused by the genus Mycobacterium and to highlight its diagnostic importance in both HIV-negative and HIV/AIDS patients. Methods: a descriptive-prospective cross-sectional study is carried out from January 2012 to May 2014. During this period, a total of 825 samples, 232 HIV-negative and 593 HIV/AIDS patients were received. The samples that required such were applied cell decontamination culture. The method of sulphuric acid at 4 percent was used. The culture used the Löwenstein-Jensen medium. Results: among the 825 extrapulmonary samples, positive culture was obtained in 29 (3.5 percent), 14 (48.3 percent) with isolation of Mycobacterium tuberculosis (11 HIV-positive and 4 HIV-negative) and 15 (51.7 percent) with isolation from other mycobacterial species (12 HIV-positive and 3 HIV-negative). Mycobacterium avium intracellulare and Mycobacterium malmoense were the most isolated species. Conclusion: in view of what has been previously presented, diagnostic surveillance is recommended to continue for this type of extrapulmonary infection, especially in AIDS patients, because in many cases fatal consequences may happen from delayed diagnostic(AU)

Importancia diagnóstica de las infecciones extrapulmonares causadas por el género Mycobacterium / Diagnostic importance of extrapulmonary infections caused by the genus Mycobacterium

Introducción: el género Mycobacterium provoca infecciones pulmonares y extrapulmonares, dentro de estas últimas las localizaciones más frecuentes son; sistema nervioso linfático, central, circulatorio, genitourinario, gastrointestinal, tejido osteoarticular, y la piel. Objetivo: realizar las caracterizaciones etiológica de infecciones extra pulmonares producidas por el género Mycobacterium, destacar su importancia diagnóstica tanto en pacientes VIH- como VIH/sida. Métodos: se realiza un estudio descriptivo-prospectivo de corte transversal realizado de enero 2012 a mayo 2014. Durante este período se recibió un total de 825 muestras, 232 de pacientes VIH- y 593 de pacientes con VIH/sida. Las muestras que lo requerían se le aplicaron descontaminación cultivo, se utilizó el método de ácido sulfúrico al 4 por ciento, para el cultivo se usó el medio de Löwenstein-Jensen. Resultados: de las 825 muestras extra pulmonares en 29 (3,5 por ciento) se obtuvo cultivo positivo,14 (48,3 por ciento) con aislamiento de Mycobacterium tuberculosis (11 VIH+ y 3 VIH-), y 15 (51,7 por ciento) con aislamiento de otras especies micobacterianas (12 VIH+ y 3 VIH-), Mycobacterium avium-intracellulare, y Mycobacterium malmoense fueron las especies más aisladas. Conclusión: por todo lo anterior expuesto se recomienda mantener la vigilancia diagnóstica en este tipo de infección extra pulmonar, en especial en pacientes con sida, pues en muchos casos pueden tener fatales consecuencias por su diagnóstico tardío(AU)

Molecular epidemiology of tuberculosis in Havana, Cuba, 2009.

OBJECTIVES: To estimate the proportion of tuberculosis cases attributable to recent transmission and the risk factors possibly associated with tuberculosis clustering. METHODS: Population-based study combining information from epidemiological investigation of tuberculosis cases notified to the National Tuberculosis Control Program in Havana, Cuba, in 2009 with the results of genotyping of Mycobacterium tuberculosis isolates with variable number tandem repeat of mycobacterial interspersed repetitive units (MIRU-VNTR) typing. RESULTS: Of 186 cases, 61 were genotyped: 33 patterns and five clusters with 19, 7, 3, 2 and 2 cases were found. The proportion of cases due to recent transmission was 45% (95% confidence interval 33-58%). Routine contact investigation failed to identify a substantial number of epidemiological links. A history of living in a closed setting was strongly associated with clustering. CONCLUSIONS: The proportion of cases due to recent transmission in Havana in 2009 is high. The existing control measures in closed settings should be strengthened. A study on a larger number of cases and for a longer time period should be carried out to obtain more precise estimates. Further studies on the utility and cost-effectiveness of the addition of molecular epidemiology techniques to support the progress towards tuberculosis elimination in Cuba, a low-incidence resource-limited setting, are also needed.

Nuevas herramientas para el diagnóstico de la tuberculosis / New tools for tuberculosis diagnosis

Introducción: en las últimas décadas se han desarrollado nuevas herramientas para disminuir el tiempo de diagnóstico de las infecciones por Mycobacterium tuberculosis. Objetivo: introducir nuevas herramientas para la identificación de M. tuberculosis y comparar los resultados con el cultivo en Löwenstein Jensen. Métodos: se estudiaron 1 368 muestras recibidas en el Laboratorio Nacional de Referencia de Tuberculosis del Instituto de Medicina Tropical Pedro Kourí, de agosto 2010 - agosto 2014. Las muestras después de procesadas fueron inoculadas en paralelo en Löwenstein Jensen y en BacT ALERT. Los resultados se ana­lizaron y compararon con relación al total de aislamientos, tiempo de detección de crecimiento y tasa de contaminación, se calcularon además los indicadores de desempeño del BacT ALERT. Resultados: por Bact/ ALERT se identificó Mycobacterium tuberculosis en 126 (98,5 por ciento) muestras y 116 (88,5 por ciento) por el Löwenstein Jensen. El tiempo de detección de crecimiento de Mycobacterium tuberculosis por el BacT/ ALERT fue de 16,6 días, dos veces menor que el obtenido por el Löwenstein Jensen (35,5 días). La tasa de contaminación por el Bact/ ALERT y Löwenstein Jensen fue de 11 por ciento y 7,8 por ciento, respectivamente. La sensibilidad, especificidad e índice de Youden fue de 99,1 por ciento, 99,0 por ciento y 0,98, respectivamente; y el índice de validez del 99 por ciento. Conclusiones: el sistema Bact/ ALERT resultó un método útil porque acortó significativamente el tiempo de diagnóstico de la tuberculosis permitiendo comenzar el tratamiento de forma oportuna, sobre todo en pacientes con baciloscopia negativa. El uso combinado del Löwenstein Jensen y medio líquido aseguró la recuperación del total de cepas de M. tuberculosis(AU)

Background: In recent decades, new tools have been developed to decrease the time of diagnosis of infections with Mycobacterium tuberculosis. Objective: To introduce the new tools for identification of M. tuberculosis and compare the results with culture in Löwenstein Jensen. Methods: 1 368 samples received at the National Tuberculosis Reference Laboratory of the IPK from August 2010 to August 2014. After samples processed were inoculated in parallel on Löwenstein Jensen and BacT ALERT. The results obtained are analyzed and compared with respect to the total isolates, time detection of growth and contamination rate, the performance indicators of BacT ALERT also calculated. Results: By Bact / ALERT were identified Mycobacterium tuberculosis in 126 (98.5 percent) samples and 116 (88.5 percent) by Löwenstein Jensen. The time detection of growth of Mycobacterium tuberculosis by BacT / ALERT was 16.6 days, two times lower than that obtained by the Löwenstein Jensen (35.5 days). The contamination rate by Bact / ALERT and Löwenstein Jensen was 11 percent and 7.8 percent, respectively. The sensitivity, specificity and Youden index was 99.1 percent, 99.0 percent and 0.98, respectively; and the validity index was 99 percent. Conclusions: Bact / ALERT system proved a useful method because it significantly shortened the time of tuberculosis diagnosis and start allowing treatment in a timely manner, especially in smear-negative patients. The combined use of liquid medium and Löwenstein Jensen assured recovery of all strains of Mycobacterium tuberculosis(AU)

Tipificación con oligonucleótidos espaciadores de Mycobacterium tuberculosis en Cuba / Spacer oligonucleotide typing of Mycobacterium tuberculosis in Cuba

Introducción: el conocimiento de los linajes de Mycobacterium tuberculosis es importante para entender el origen, evolución y propagación de la bacteria. Objetivo: determinar los patrones genéticos de M. tuberculosis circulantes en Cuba. Métodos: estudio descriptivo de corte transversal con un componente analítico en Cuba, en el período comprendido de enero de 2009 a diciembre de 2010. Se aplicó la tipificación con oligonucleótidos espaciadores (Spoligotyping) a 308 aislamientos de M. tuberculosis del período 2009-2010. La clasificación en genotipos se realizó según la base de datos internacional SpolDB4. Los resultados se analizaron además con la herramienta web en línea MIRU-VNTRplus y se compararon con los patrones genéticos de M. tuberculosis identificados en 1993-1995 en Cuba. Resultados: se definieron 79 patrones genotípicos diferentes, de los cuales 46 (62 por ciento) fueron patrones no reportados anteriormente en SpolDB4. Los 22 agrupamientos definidos incluyeron al 75,4 por ciento de los aislamientos estudiados. Se encontraron cinco familias genéticas fundamentales: Beijing (25,6 por ciento), S (19,2 por ciento), LAM (16,9 por ciento), Haarlem (16,9 por ciento) y T (5,8 por ciento). La familia S prevaleció en la región Occidental (OR=3,4; 95 pir ciento IC:1,8-6,3; p<0,05), Beijing en el Centro de Cuba (OR=6,7; 95 por ciento IC:3,7-11,9; p<0,05) y LAM (OR=3,0; 95 por ciento IC:1,6-5,6; p<0.05) y Haarlem en la zona Oriental (OR=1,8; 95 por ciento IC:1,0-3,4; p<0,05). Conclusiones: se observó una gran diversidad genética entre los aislamientos de M. tuberculosis circulante en Cuba en 2009-2010. En el país, la estructura genética de la población de M. tuberculosis ha variado en el tiempo con una disminución de genotipos endémicos como Haarlem y T y un aumento significativo de S y Beijing. Estos datos aportan elementos importantes para la epidemiología y control de la TB en Cuba(AU)

Introduction: Knowledge about Mycobacterium tuberculosis lineages is important to understand the origin, evolution and spread of this bacterium. Objective: Determine the genetic patterns of M. tuberculosis circulating in Cuba. Methods: A descriptive cross-sectional study was conducted with an analytical component in Cuba in the period extending from January 2009 to December 2010. Spacer oligonucleotide typing (Spoligotyping) was applied to 308 M. tuberculosis isolates from the period 2009-2010. Classification into genotypes was carried out according to the international database SpolDB4. Results were additionally analyzed with the online tool MIRU-VNTRplus and compared with the M. tuberculosis genetic patterns found in Cuba in 1993-1995. Results: 79 different genotypic patterns were defined, of which 46 (62 percent) had not been previously reported in SpolDB4. The 22 clusters defined included 75.4 percent of the isolates studied. Five main genetic families were found: Beijing (25.6 percent), S (19.2 percent), LAM (16.9 percent), Haarlem (16.9 percent) and T (5.8 percent). The S family prevailed in the Western region (OR=3.4; CI 95 percent:1.8-6.3; p<0.05), Beijing in Central Cuba (OR=6.7; CI 95 percent:3.7-11.9; p<0.05), and LAM (OR=3.0; CI 95 percent:1.6-5.6; p<0.05) and Haarlem in the Eastern region (OR=1.8; CI 95 percent:1.0-3.4; p<0.05). Conclusions: Great diversity was observed among the M. tuberculosis isolates circulating in Cuba in the period 2009-2010. The genetic structure of M. tuberculosis has changed in the country with the passing of time, with a reduction in endemic genotypes like Haarlem and T, and a significant increase in S and Beijing. These data contribute important information for epidemiology and TB control in Cuba(AU)

Tipificación con oligonucleótidos espaciadores de Mycobacterium tuberculosis en Cuba / Spacer oligonucleotide typing of Mycobacterium tuberculosis in Cuba

Introducción: el conocimiento de los linajes de Mycobacterium tuberculosis es importante para entender el origen, evolución y propagación de la bacteria. Objetivo: determinar los patrones genéticos de M. tuberculosis circulantes en Cuba. Métodos: estudio descriptivo de corte transversal con un componente analítico en Cuba, en el período comprendido de enero de 2009 a diciembre de 2010. Se aplicó la tipificación con oligonucleótidos espaciadores (Spoligotyping) a 308 aislamientos de M. tuberculosis del período 2009-2010. La clasificación en genotipos se realizó según la base de datos internacional SpolDB4. Los resultados se analizaron además con la herramienta web en línea MIRU-VNTRplus y se compararon con los patrones genéticos de M. tuberculosis identificados en 1993-1995 en Cuba. Resultados: se definieron 79 patrones genotípicos diferentes, de los cuales 46 (62 por ciento) fueron patrones no reportados anteriormente en SpolDB4. Los 22 agrupamientos definidos incluyeron al 75,4 por ciento de los aislamientos estudiados. Se encontraron cinco familias genéticas fundamentales: Beijing (25,6 por ciento), S (19,2 por ciento), LAM (16,9 por ciento), Haarlem (16,9 por ciento) y T (5,8 por ciento). La familia S prevaleció en la región Occidental (OR=3,4; 95 por ciento IC:1,8-6,3; p<0,05), Beijing en el Centro de Cuba (OR=6,7; 95 por ciento IC:3,7-11,9; p<0,05) y LAM (OR=3,0; 95 por ciento IC:1,6-5,6; p<0.05) y Haarlem en la zona Oriental (OR=1,8; 95 por ciento IC:1,0-3,4; p<0,05). Conclusiones: se observó una gran diversidad genética entre los aislamientos de M. tuberculosis circulante en Cuba en 2009-2010. En el país, la estructura genética de la población de M. tuberculosis ha variado en el tiempo con una disminución de genotipos endémicos como Haarlem y T y un aumento significativo de S y Beijing. Estos datos aportan elementos importantes para la epidemiología y control de la TB en Cuba(AU)

Introduction: knowledge about Mycobacterium tuberculosis lineages is important to understand the origin, evolution and spread of this bacterium. Objective: determine the genetic patterns of M. tuberculosis circulating in Cuba. Methods: adescriptive cross-sectional study was conducted with an analytical component in Cuba in the period extending from January 2009 to December 2010. Spacer oligonucleotide typing (Spoligotyping) was applied to 308 M. tuberculosis isolates from the period 2009-2010. Classification into genotypes was carried out according to the international database SpolDB4. Results were additionally analyzed with the online tool MIRU-VNTRplus and compared with the M. tuberculosis genetic patterns found in Cuba in 1993-1995. Results: 79 different genotypic patterns were defined, of which 46 (62 percent) had not been previously reported in SpolDB4. The 22 clusters defined included 75.4 percent of the isolates studied. Five main genetic families were found: Beijing (25.6 percent), S (19.2 percent), LAM (16.9 percent), Haarlem (16.9 percent) and T (5.8 percent). The S family prevailed in the Western region (OR=3.4; CI 95 percent:1.8-6.3; p<0.05), Beijing in Central Cuba (OR=6.7; CI 95 percent:3.7-11.9; p<0.05), and LAM (OR=3.0; CI 95 percent:1.6-5.6; p<0.05) and Haarlem in the Eastern region (OR=1.8; CI 95 percent:1.0-3.4; p<0.05). Conclusions: great diversity was observed among the M. tuberculosis isolates circulating in Cuba in the period 2009-2010. The genetic structure of M. tuberculosis has changed in the country with the passing of time, with a reduction in endemic genotypes like Haarlem and T, and a significant increase in S and Beijing. These data contribute important information for epidemiology and TB control in Cuba(AU)

Nuevas herramientas para el diagnóstico de la tuberculosis / New tools for tuberculosis diagnosis

Introducción: en las últimas décadas se han desarrollado nuevas herramientas para disminuir el tiempo de diagnóstico de las infecciones por Mycobacterium tuberculosis. Objetivo: introducir nuevas herramientas para la identificación de M. tuberculosis y comparar los resultados con el cultivo en Löwenstein Jensen. Métodos: se estudiaron 1 368 muestras recibidas en el Laboratorio Nacional de Referencia de Tuberculosis del Instituto de Medicina Tropical Pedro Kourí, de agosto 2010 - agosto 2014. Las muestras después de procesadas fueron inoculadas en paralelo en Löwenstein Jensen y en BacT ALERT. Los resultados se ana­lizaron y compararon con relación al total de aislamientos, tiempo de detección de crecimiento y tasa de contaminación, se calcularon además los indicadores de desempeño del BacT ALERT. Resultados: por Bact/ ALERT se identificó Mycobacterium tuberculosis en 126 (98,5 por ciento) muestras y 116 (88,5 por ciento) por el Löwenstein Jensen. El tiempo de detección de crecimiento de Mycobacterium tuberculosis por el BacT/ ALERT fue de 16,6 días, dos veces menor que el obtenido por el Löwenstein Jensen (35,5 días). La tasa de contaminación por el Bact/ ALERT y Löwenstein Jensen fue de 11 por ciento y 7,8 por ciento, respectivamente. La sensibilidad, especificidad e índice de Youden fue de 99,1 por ciento, 99,0 por ciento y 0,98, respectivamente; y el índice de validez del 99 por ciento. Conclusiones: el sistema Bact/ ALERT resultó un método útil porque acortó significativamente el tiempo de diagnóstico de la tuberculosis permitiendo comenzar el tratamiento de forma oportuna, sobre todo en pacientes con baciloscopia negativa. El uso combinado del Löwenstein Jensen y medio líquido aseguró la recuperación del total de cepas de M. tuberculosis(AU)

Background: in recent decades, new tools have been developed to decrease the time of diagnosis of infections with Mycobacterium tuberculosis. Objective: to introduce the new tools for identification of M. tuberculosis and compare the results with culture in Löwenstein Jensen. Methods: 1 368 samples received at the National Tuberculosis Reference Laboratory of the IPK from August 2010 to August 2014. After samples processed were inoculated in parallel on Löwenstein Jensen and BacT ALERT. The results obtained are analyzed and compared with respect to the total isolates, time detection of growth and contamination rate, the performance indicators of BacT ALERT also calculated. Results: by Bact / ALERT were identified Mycobacterium tuberculosis in 126 (98.5 percent) samples and 116 (88.5 percent) by Löwenstein Jensen. The time detection of growth of Mycobacterium tuberculosis by BacT / ALERT was 16.6 days, two times lower than that obtained by the Löwenstein Jensen (35.5 days). The contamination rate by Bact / ALERT and Löwenstein Jensen was 11 percent and 7.8 percent, respectively. The sensitivity, specificity and Youden index was 99.1 percent, 99.0 percent and 0.98, respectively; and the validity index was 99 percent. Conclusions: bact / ALERT system proved a useful method because it significantly shortened the time of tuberculosis diagnosis and start allowing treatment in a timely manner, especially in smear-negative patients. The combined use of liquid medium and Löwenstein Jensen assured recovery of all strains of Mycobacterium tuberculosis(AU)

Aspectos clínicos y aislamientos de micobacterias ambientales en muestras pulmonares y extrapulmonares / Clinical aspects and the isolation of environmental mycobacteria in pulmonary and extrapulmonary samples

Las infecciones provocadas por micobacterias atípicas, micobacterias no tuberculosas y más recientemente denominadas micobacterias ambientales u oportunistas, en los últimos tiempos desempeñan un papel preponderante en el diagnóstico clínico. Estas especies se relacionan generalmente con estados de inmuno depresión del paciente. En este trabajo se estudiaron 136 cepas aisladas de pacientes con sintomatología específica tanto pulmonar como extrapulmonar, incluidos aquellos infectados por el virus de la inmunodeficiencia humana (VIH), éstas fueron estudiadas e identificadas en el Laboratorio Nacional de Referencia e Investigaciones de Tuberculosis, Lepra y Micobacterias, durante el período de enero de 2011 a diciembre de 2012. Es importante destacar que el 72.79% de los aislamientos eran procedentes de pacientes VIH positivos. El total de las cepas aisladas fue analizado según la clasificación establecida por Runyon; los grupos encontrados con mayor frecuencia fueron el III y el IV; por especie, las de mayor porcentaje de aislamiento fueron las del complejo Mycobacterium avium-intracellulare, Mycobacterium malmoense, Mycobacterium fortuitum y Mycobacterium chelonae, respectivamente. Estos estudios son de gran importancia diagnóstica en los laboratorios de micobacteriología, pues de esta forma se puede llegar a conocer cuáles son las especies micobacterianas predominantes en la población,y lograr establecer una vigilancia sobre este tipo de infecciones, particularmente en pacientes inmunodeficientes, los que pueden ser origen de una peligrosa diseminación de la enfermedad...

Análisis genotípico de aislamientos de Mycobacterium tuberculosis en La Habana en 2009 / Genotyping of Mycobacterium tuberculosis isolates in Havana, 2009

Introducción: la búsqueda de alternativas al polimorfismo de la longitud de los fragmentos de restricción (RFLP, siglas en inglés) con la sonda IS 6110 en la genotipificación de Mycobacterium tuberculosis ha propiciado el desarrollo de la tipificación con número variable de repeticiones en tándem de unidades repetitivas interespaciadas de micobacterias (MIRU-VNTR, siglas en inglés). Objetivo: evaluar la diseminación de genotipos de M. tuberculosis en La Habana en 2009. Métodos: se estudiaron 80 aislamientos procedentes de unidades de salud durante 2009 y se caracterizaron por tipificación MIRU-VNTR-15. Los genotipos se expresaron como códigos numéricos según el número de copias de cada MIRU-VNTR amplificado, y se analizaron con la herramienta bioinformática en lÝnea MIRU-VNTR plus. Se utilizó MIRU-VNTR-24 como tipificación secundaria en los aislamientos agrupados por MIRU-VNTR-15. Resultados: con MIRU-VNTR-15 se definieron 41 genotipos diferentes; entre ellos, 33 únicos (41,25 por ciento), y ocho que agruparon a 47 aislamientos (58,75 por ciento). La tipificación MIRU-VNTR-24 logró diferenciar sólo el 5 por ciento de éstos, disminuyendo el porcentaje de agrupamiento a 53,75 por ciento. Conclusiones: el elevado agrupamiento encontrado sugirió transmisión reciente, lo que pudo tener influencia en la incidencia de tuberculosis en La Habana en 2009

Introduction: the search for alternatives to restriction fragment length polymorphism (RFLP) with the IS6110 probe for the genotyping of Mycobacterium tuberculosis has paved the way for the development of mycobacterial interspersed repetitive-unit-variable-number tandem-repeat typing (MIRU-VNTR). Objective: evaluate the spread of M. tuberculosis genotypes in Havana in 2009. Methods: eighty isolates obtained from healthcare centers during 2009 were examined and characterized by 15-loci MIRU-VNTR typing. The genotypes were expressed as numerical codes according to the copy number of each amplified MIRU-VNTR, and they were analyzed with the online bioinformatic tool MIRU-VNTR plus. 24-loci MIRU-VNTR was used for secondary typing of isolates grouped by 15-loci MIRU-VNTR. Results: forty-one different genotypes were defined with 15-loci MIRU-VNTR. Of these, 33 were single (41.25 percent), whereas 8 clustered 47 isolates (58.75 percent). Only 5 percent of the latter could be differentiated by 24-loci MIRU-VNTR, lowering the percentage of clustering to 53.75 percent. Conclusions: the high clustering values revealed by the study suggest that transmission was recent. This may have had an influence on the incidence of tuberculosis in Havana in 2009(AU)